握り寿司は、人間の手で腐敗しやすい生鮮魚介類と酢飯を握る工程を行うものであり、その過程で雑菌が付着することは避けられない。従って、夏期においては握ったものをすぐ食べることが望ましい。米やネタに匂いが移る危険性があるので、臭いを発する強力な洗剤や殺菌薬等で手を洗うことは避けられると考えられるが、寿司職人は用を足した後丁寧に手洗いに努めている。一般に炊いた米には粘着性もあり、10個も握ればその後は、殆ど汚物や病原菌なども取り去られるとする意見もある。また酢（酢酸）には殺菌の効果がある。客によっては職人がカウンターから離れ戻ってきたときは、しばらく注文を差し控えるなど気にする人もいるがどちらにしてもこれは想像力の問題で実際の衛生上の観点からは寿司は安全な食品であると言える。
日本国外では、手で握る作業を不潔なものと見なし職人が薄いゴム手袋やビニール手袋を嵌めることを求められている規則があるが、日本においては魚介を生食する料理の調理を素手で行うことは家庭でも行われているごく一般的な手法であるうえ、職人の微妙な手指の感覚を阻害するものであると見なされ、そのような習慣はしていない。ただし日本国内でもスーパーなどで持ち帰りの寿司を作る場合や、回転寿司店で手袋を着用していることがある。昨今では、世界的な日本食ブームのおかげもあり、日本人以外のいわゆる「通」を自称する人々の間でも、「素手で握る寿司が一番」という風潮がある。これは単に伝統にこだわっているだけではなく、特に西洋人の間では「日本の寿司職人は、素手で握っても食中毒を起こさない衛生的で清潔な職人」という西洋人独特のイメージを大事にしたいという理由もあるという。
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